6545 sayılı Türk Ceza Kanununda yapılan değişiklikler sonrasında vergi yargısında yer alan başvuru yolları kapsamlı bir değişikliğe uğramış ve sistem bu değişiklik bağlamında yeniden şekillendirilmiştir. Yeni düzenleme ile Vergi Mahkemeleri - Bölge İdare Mahkemeleri / Danıştay şeklinde ki iki dereceli yargılama sistemi yerini; Vergi Mahkemeleri – Bölge İdare Mahkemeleri (istinaf) – Danıştay şeklindeki üç dereceli yargı sistemine bırakmaktadır. Yani artık idare ve vergi mahkemelerinin vermiş olduğu kararlara karşı Danıştay’a temyiz yoluna başvurulmadan önce mahkemenin bulunduğu yargı çevresindeki bölge idare mahkemesine kararın tebliğinden itibaren otuz gün içinde “İstinaf” yoluna başvurulabilir.
Olağan kanun yolu olan “itiraz” kurumu kaldırılarak yerine “istinaf” kurumu getirilmiş ve “kararın düzeltilmesi” şeklindeki kanun yolu tamamen kaldırılmıştır. Ayrıca “kanun yararına bozma” şeklindeki olağan üstü kanun yolu “kanun yararına temyiz” şeklinde yeniden düzenlenmiştir.
Yapılan değişiklikler çerçevesinde yeni sistemin işleyişi aşağıda özetlenmiştir:
Konusu beş bin Türk lirasını geçmeyen vergi davalarına karşı açılan iptal davaları hakkında vergi mahkemelerince verilen kararlar kesin olup, bunlara karşı istinaf yoluna başvurulamaz.
Konusu beş bin Türk lirasını geçen ancak yüz bin Türk lirasını geçmeyen vergi davalarına karşı, başka kanunlarda aksine hüküm bulunsa dahi, kararın tebliğinden itibaren otuz gün içinde istinaf yoluna başvurulabilir. Başvuru üzerine verilen karar kesin olup, temyize konu edilemez.
Konusu yüz bin Türk lirasını aşan vergi davalarına karşı, başka kanunlarda aksine hüküm bulunsa dahi, kararın tebliğinden itibaren otuz gün içinde istinaf yoluna başvurulabilir. Başvuru üzerine verilen karar kesin olmayıp, temyiz yolu açıktır.
Vergi Yargındaki bu yeni dönem 20 Temmuz 2016 tarihinde başlıyor.